cctbx.adptbx
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/cctbx/adptbx.py

 
Modules
       
boost
cctbx_adptbx_ext
cctbx.array_family.flex
math
random
scitbx

 
Functions
       
b_as_u(...)
b_as_u( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double b_as_u(double)
 
b_as_u( (object)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> b_as_u(scitbx::sym_mat3<double>)
beta_as_u_cart(...)
beta_as_u_cart( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> beta_as_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
beta_as_u_cif(...)
beta_as_u_cif( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> beta_as_u_cif(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
beta_as_u_iso(...)
beta_as_u_iso( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double beta_as_u_iso(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
beta_as_u_star(...)
beta_as_u_star( (object)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> beta_as_u_star(scitbx::sym_mat3<double>)
c_u_c_transpose(...)
c_u_c_transpose( (object)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> c_u_c_transpose(scitbx::mat3<double>,scitbx::sym_mat3<double>)
debye_waller_factor_b_iso(...)
debye_waller_factor_b_iso( (float)stol_sq, (float)b_iso [, (float)exp_arg_limit=50 [, (bool)truncate_exp_arg=False]]) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_b_iso(double,double [,double=50 [,bool=False]])
 
debye_waller_factor_b_iso( (object)stol_sq, (float)b_iso [, (float)exp_arg_limit=50 [, (bool)truncate_exp_arg=False]]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> debye_waller_factor_b_iso(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,double [,double=50 [,bool=False]])
 
debye_waller_factor_b_iso( (unit_cell)arg1, (object)arg2, (float)arg3) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_b_iso(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::miller::index<int>,double)
debye_waller_factor_beta(...)
debye_waller_factor_beta( (object)arg1, (object)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_beta(cctbx::miller::index<int>,scitbx::sym_mat3<double>)
debye_waller_factor_u_cart(...)
debye_waller_factor_u_cart( (unit_cell)arg1, (object)arg2, (object)arg3) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::miller::index<int>,scitbx::sym_mat3<double>)
debye_waller_factor_u_cif(...)
debye_waller_factor_u_cif( (unit_cell)arg1, (object)arg2, (object)arg3) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_u_cif(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::miller::index<int>,scitbx::sym_mat3<double>)
debye_waller_factor_u_iso(...)
debye_waller_factor_u_iso( (float)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_u_iso(double,double)
 
debye_waller_factor_u_iso( (unit_cell)arg1, (object)arg2, (float)arg3) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_u_iso(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::miller::index<int>,double)
debye_waller_factor_u_star(...)
debye_waller_factor_u_star( (object)h, (object)u_star [, (float)exp_arg_limit=50 [, (bool)truncate_exp_arg=False]]) -> float :
 
    C++ signature :
        double debye_waller_factor_u_star(cctbx::miller::index<int>,scitbx::sym_mat3<double> [,double=50 [,bool=False]])
 
debye_waller_factor_u_star( (miller_index)miller_indices, (object)u_star [, (float)exp_arg_limit=50 [, (bool)truncate_exp_arg=False]]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> debye_waller_factor_u_star(scitbx::af::const_ref<cctbx::miller::index<int>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::sym_mat3<double> [,double=50 [,bool=False]])
debye_waller_factor_u_star_curvature_coefficients(...)
debye_waller_factor_u_star_curvature_coefficients( (object)h) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> debye_waller_factor_u_star_curvature_coefficients(cctbx::miller::index<int>)
debye_waller_factor_u_star_curvatures(h, u_star)
debye_waller_factor_u_star_gradient_coefficients(...)
debye_waller_factor_u_star_gradient_coefficients( (object)h) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> debye_waller_factor_u_star_gradient_coefficients(cctbx::miller::index<int>)
debye_waller_factor_u_star_gradients(h, u_star)
eigenvalue_filtering(...)
eigenvalue_filtering( (object)u_cart [, (float)u_min=0 [, (float)u_max=0]]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> eigenvalue_filtering(scitbx::sym_mat3<double> [,double=0 [,double=0]])
eigenvalues(...)
eigenvalues( (object)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> eigenvalues(scitbx::sym_mat3<double>)
grad_u_cart_as_u_star(...)
grad_u_cart_as_u_star( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> grad_u_cart_as_u_star(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
 
grad_u_cart_as_u_star( (unit_cell)arg1, (sym_mat3_double)arg2) -> sym_mat3_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::sym_mat3<double> > grad_u_cart_as_u_star(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::af::const_ref<scitbx::sym_mat3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>)
grad_u_star_as_u_cart(...)
grad_u_star_as_u_cart( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> grad_u_star_as_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
 
grad_u_star_as_u_cart( (unit_cell)arg1, (sym_mat3_double)arg2) -> sym_mat3_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::sym_mat3<double> > grad_u_star_as_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::af::const_ref<scitbx::sym_mat3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>)
intersection(u_1, u_2, site_1, site_2, unit_cell)
Calculate the intersection of two scatterers, given coordinates and atomic
displacements.  If the scatterers do not actually intersect the result will
be negative.
is_positive_definite(...)
is_positive_definite( (object)arg1) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool is_positive_definite(scitbx::vec3<double>)
 
is_positive_definite( (object)arg1, (float)arg2) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool is_positive_definite(scitbx::vec3<double>,double)
 
is_positive_definite( (object)arg1) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool is_positive_definite(scitbx::sym_mat3<double>)
 
is_positive_definite( (object)arg1, (float)arg2) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool is_positive_definite(scitbx::sym_mat3<double>,double)
 
is_positive_definite( (sym_mat3_double)arg1, (float)arg2) -> bool :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<bool> is_positive_definite(scitbx::af::const_ref<scitbx::sym_mat3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,double)
random_rotate_ellipsoid(u_cart, r_min=0, r_max=360)
random_traceless_symmetry_constrained_b_cart(crystal_symmetry, u_scale=1, u_min=0.1)
random_u_cart(u_scale=1, u_min=0)
u_as_b(...)
u_as_b( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double u_as_b(double)
 
u_as_b( (object)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_as_b(scitbx::sym_mat3<double>)
u_cart_as_beta(...)
u_cart_as_beta( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cart_as_beta(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cart_as_u_cif(...)
u_cart_as_u_cif( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cart_as_u_cif(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cart_as_u_iso(...)
u_cart_as_u_iso( (object)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double u_cart_as_u_iso(scitbx::sym_mat3<double>)
u_cart_as_u_star(...)
u_cart_as_u_star( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cart_as_u_star(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cif_as_beta(...)
u_cif_as_beta( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cif_as_beta(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cif_as_u_cart(...)
u_cif_as_u_cart( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cif_as_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cif_as_u_iso(...)
u_cif_as_u_iso( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double u_cif_as_u_iso(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_cif_as_u_star(...)
u_cif_as_u_star( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_cif_as_u_star(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_iso_as_beta(...)
u_iso_as_beta( (unit_cell)arg1, (float)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_iso_as_beta(cctbx::uctbx::unit_cell,double)
u_iso_as_u_cart(...)
u_iso_as_u_cart( (float)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_iso_as_u_cart(double)
u_iso_as_u_cif(...)
u_iso_as_u_cif( (unit_cell)arg1, (float)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_iso_as_u_cif(cctbx::uctbx::unit_cell,double)
u_iso_as_u_star(...)
u_iso_as_u_star( (unit_cell)arg1, (float)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_iso_as_u_star(cctbx::uctbx::unit_cell,double)
u_star_as_beta(...)
u_star_as_beta( (object)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_star_as_beta(scitbx::sym_mat3<double>)
u_star_as_u_cart(...)
u_star_as_u_cart( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_star_as_u_cart(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_star_as_u_cif(...)
u_star_as_u_cif( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> u_star_as_u_cif(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)
u_star_as_u_iso(...)
u_star_as_u_iso( (unit_cell)arg1, (object)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double u_star_as_u_iso(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::sym_mat3<double>)

 
Data
        __warningregistry__ = {("Not importing directory '/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/cctbx/math': missing __init__.py", <type 'exceptions.ImportWarning'>, 10): True}
b_as_u_factor = 0.012665147955292222
division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)
mtps = -19.739208802178716
mtpss = 389.6363641360097
u_as_b_factor = 78.95683520871486