cctbx.xray
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/cctbx/xray/__init__.py

 
Package Contents
       
ext
minimization
observation_types
observations (package)
scatterer
structure
structure_factors (package)
target_functors
targets (package)
weighting_schemes

 
Functions
       
StringIO(...)
StringIO([s]) -- Return a StringIO-like stream for reading or writing
add_scatterers_ext(...)
add_scatterers_ext( (unit_cell)unit_cell, (space_group)space_group, (xray_scatterer)scatterers, (site_symmetry_table)site_symmetry_table, (site_symmetry_table)site_symmetry_table_for_new, (float)min_distance_sym_equiv, (float)u_star_tolerance, (bool)assert_min_distance_sym_equiv, (bool)non_unit_occupancy_implies_min_distance_sym_equiv_zero) -> None :
 
    C++ signature :
        void add_scatterers_ext(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::sgtbx::space_group,scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::sgtbx::site_symmetry_table {lvalue},cctbx::sgtbx::site_symmetry_table,double,double,bool,bool)
apply_symmetry_sites(...)
apply_symmetry_sites( (site_symmetry_table)site_symmetry_table, (xray_scatterer)scatterers) -> None :
 
    C++ signature :
        void apply_symmetry_sites(cctbx::sgtbx::site_symmetry_table,scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>)
apply_symmetry_u_stars(...)
apply_symmetry_u_stars( (site_symmetry_table)site_symmetry_table, (xray_scatterer)scatterers [, (float)u_star_tolerance=0]) -> None :
 
    C++ signature :
        void apply_symmetry_u_stars(cctbx::sgtbx::site_symmetry_table,scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor> [,double=0])
apply_u_extra(...)
apply_u_extra( (unit_cell)unit_cell, (float)u_extra, (miller_index)miller_indices, (complex_double)structure_factors [, (float)multiplier=1]) -> None :
 
    C++ signature :
        void apply_u_extra(cctbx::uctbx::unit_cell,double,scitbx::af::const_ref<cctbx::miller::index<int>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::ref<std::complex<double>, scitbx::af::trivial_accessor> [,double=1])
asu_mappings_process(...)
asu_mappings_process( (direct_space_asu_asu_mappings)asu_mappings, (xray_scatterer)scatterers, (site_symmetry_table)site_symmetry_table) -> None :
 
    C++ signature :
        void asu_mappings_process(cctbx::crystal::direct_space_asu::asu_mappings<double, int> {lvalue},scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::sgtbx::site_symmetry_table)
calc_u_base(...)
calc_u_base( (float)d_min, (float)grid_resolution_factor [, (float)quality_factor=100 [, (float)max_u_base=12.665147955292221]]) -> float :
 
    C++ signature :
        double calc_u_base(double,double [,double=100 [,double=12.665147955292221]])
change_basis(...)
change_basis( (xray_scatterer)scatterers, (change_of_basis_op)cb_op) -> xray_scatterer :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string> > change_basis(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::sgtbx::change_of_basis_op)
expand_to_p1(...)
expand_to_p1( (unit_cell)unit_cell, (space_group)space_group, (xray_scatterer)scatterers, (site_symmetry_table)site_symmetry_table, (bool)append_number_to_labels) -> xray_scatterer :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string> > expand_to_p1(cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::sgtbx::space_group,scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::sgtbx::site_symmetry_table,bool)
is_positive_definite_u(...)
is_positive_definite_u( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell) -> bool :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<bool> is_positive_definite_u(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell)
 
is_positive_definite_u( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell, (float)u_cart_tolerance) -> bool :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<bool> is_positive_definite_u(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell,double)
minimization_add_gradients(...)
minimization_add_gradients( (xray_scatterer)scatterers, (object)xray_gradients, (vec3_double)site_gradients, (object)u_iso_gradients, (sym_mat3_double)u_aniso_gradients, (object)occupancy_gradients) -> None :
 
    C++ signature :
        void minimization_add_gradients(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<scitbx::sym_mat3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
minimization_extract_site_gradients(...)
minimization_extract_site_gradients( (xray_scatterer)scatterers, (object)xray_gradients) -> vec3_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> > minimization_extract_site_gradients(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
minimization_shift_scales(...)
minimization_shift_scales( (xray_scatterer)scatterers, (int)n_parameters, (float)site_cart, (float)u_iso, (float)u_cart, (float)occupancy, (float)fp, (float)fdp) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> minimization_shift_scales(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,unsigned long,double,double,double,double,double,double)
n_undefined_multiplicities(...)
n_undefined_multiplicities( (xray_scatterer)scatterers) -> int :
 
    C++ signature :
        unsigned long n_undefined_multiplicities(scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>)
rotate(...)
rotate( (unit_cell)unit_cell, (object)rotation_matrix, (xray_scatterer)scatterers) -> xray_scatterer :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string> > rotate(cctbx::uctbx::unit_cell,scitbx::mat3<double>,scitbx::af::const_ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>)
set_grad_twin_fraction(...)
set_grad_twin_fraction( (object)twin_components [, (bool)grad_twin_fraction=True]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_grad_twin_fraction(scitbx::af::shared<cctbx::xray::twin_component<double>*> [,bool=True])
set_inelastic_form_factors_from_henke(...)
set_inelastic_form_factors_from_henke( (xray_scatterer)scatterers, (characteristic)photon [, (bool)set_use_fp_fdp=True]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_inelastic_form_factors_from_henke(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::eltbx::wavelengths::characteristic [,bool=True])
 
set_inelastic_form_factors_from_henke( (xray_scatterer)scatterers, (float)wavelength [, (bool)set_use_fp_fdp=True]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_inelastic_form_factors_from_henke(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,float [,bool=True])
set_inelastic_form_factors_from_sasaki(...)
set_inelastic_form_factors_from_sasaki( (xray_scatterer)scatterers, (characteristic)photon [, (bool)set_use_fp_fdp=True]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_inelastic_form_factors_from_sasaki(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::eltbx::wavelengths::characteristic [,bool=True])
 
set_inelastic_form_factors_from_sasaki( (xray_scatterer)scatterers, (float)wavelength [, (bool)set_use_fp_fdp=True]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_inelastic_form_factors_from_sasaki(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,float [,bool=True])
set_scatterer_grad_flags(...)
set_scatterer_grad_flags( (xray_scatterer)scatterers [, (bool)site=False [, (bool)u_iso=False [, (bool)u_aniso=False [, (bool)occupancy=False [, (bool)fp=False [, (bool)fdp=False [, (bool)tan_u_iso=False [, (int)param=0]]]]]]]]) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_scatterer_grad_flags(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False [,bool=False [,bool=False [,bool=False [,bool=False [,bool=False [,bool=False [,int=0]]]]]]]])
shift_occupancies(...)
shift_occupancies( (xray_scatterer)scatterers, (float)q_shift [, (size_t)selection]) -> None :
 
    C++ signature :
        void shift_occupancies(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,double [,scitbx::af::const_ref<unsigned long, scitbx::af::trivial_accessor>])
shift_us(...)
shift_us( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell, (float)u_shift) -> None :
 
    C++ signature :
        void shift_us(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell,double)
 
shift_us( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell, (float)u_shift, (size_t)selection) -> None :
 
    C++ signature :
        void shift_us(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell,double,scitbx::af::const_ref<unsigned long, scitbx::af::trivial_accessor>)
sum_twin_fractions(...)
sum_twin_fractions( (object)twin_components) -> float :
 
    C++ signature :
        double sum_twin_fractions(scitbx::af::shared<cctbx::xray::twin_component<double>*>)
targets_shelxl_wght_ls_kwt_b_dv(...)
targets_shelxl_wght_ls_kwt_b_dv( (object)f_obs, (object)i_obs, (object)i_sig, (object)ic, (float)wa, (float)wb) -> tuple :
 
    C++ signature :
        boost::python::tuple targets_shelxl_wght_ls_kwt_b_dv(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,double,double)
tidy_us(...)
tidy_us( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell, (site_symmetry_table)site_symmetry_table, (float)u_min, (float)u_max, (float)anisotropy_min) -> None :
 
    C++ signature :
        void tidy_us(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell,cctbx::sgtbx::site_symmetry_table,double,double,double)
truncate_shifts(...)
truncate_shifts( (object)shifts, (float)min_value, (float)max_value) -> None :
 
    C++ signature :
        void truncate_shifts(scitbx::af::ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,double,double)
u_star_plus_u_iso(...)
u_star_plus_u_iso( (xray_scatterer)scatterers, (unit_cell)unit_cell) -> None :
 
    C++ signature :
        void u_star_plus_u_iso(scitbx::af::ref<cctbx::xray::scatterer<double, std::string, std::string>, scitbx::af::trivial_accessor>,cctbx::uctbx::unit_cell)

 
Data
        division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)