iotbx.fullprof
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/iotbx/fullprof/__init__.py

 
Package Contents
       
read_pcr
write_pcr

 
Functions
       
rietveld_refine_structure(crystalstructure, wavelength=1.5418000221252441, I_obs=None, Profile=None, ProfileFile=None)
This function tries to rietveld refine a structure using FullProf.
 
If I_obs is given neither a Profile or a ProfileFile may be specified.
'Profile' and 'ProfileFile' are also exclusive.
 
:param crystalstructure: the starting model for the refinement
:type crystalstructure: cctbx.xray.structure
:param wavelength: the x-ray wavelength for the given intensity data
:type wavelength: float
:param I_obs: observed Intensities
:type I_obs: cctbx.miller
:param Profile: a XRD profile given as a list/tuple of (2-theta, intensity)-tuples
:type Profile: list/tuple(tuple(2theta,I))
:param ProfileFile: path to a XRD profile as FullProf .prf file
:type ProfileFile: string
run_fullprof(pcrfile, verbose=0)
simulate_powder_pattern(crystalstructure, wavelength=1.5418000221252441, filename='', keep_results=False, scale_down=1.0)
Get integrated intensities and a a simulated XRD profile calculated with
FullProf (has to be installed and callable via "fp2k").
 
:param crystalstructure: a crystal structure to calculate the intensities for
:type crystalstructure: cctbx.xray.structure
:param wavelength: x-ray wavelength in angstroms
:type wavelength: float
:param filename: a filepath to save the in- and output of FullProf to
:type filename: string
:param keep_results: keep the (temporary) files from FullProf for a later   manual inspection
:type keep_results: boolean
:param scale_down: factor to divide intensities by (to avoid overflows)
:type scale_down: float
 
:returns: calculated integral intensities, calculated profile
:rtype: cctbx.miller, list(tuple(float,int))
 
XXX Todo: implement extraction of calculated profile

 
Data
        division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)
print_function = _Feature((2, 6, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 65536)