iotbx.option_parser
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/iotbx/option_parser.py

 
Modules
       
cctbx.crystal
iotbx.crystal_symmetry_from_any
cctbx.sgtbx
cctbx.uctbx

 
Classes
       
__builtin__.object
symmetry_callback
libtbx.option_parser.option_parser(optik.option_parser.OptionParser)
option_parser
option_parser

 
iotbx_option_parser = class option_parser(libtbx.option_parser.option_parser)
    
Method resolution order:
option_parser
libtbx.option_parser.option_parser
optik.option_parser.OptionParser
optik.option_parser.OptionContainer

Methods defined here:
__init__(self, usage=None, description=None, more_help=None)
enable_low_resolution(self, default=None)
enable_resolution(self, default=None)
enable_resolutions(self, default_low=None, default_high=None)
enable_space_group(self)
enable_symmetry(self)
enable_symmetry_comprehensive(self)
enable_unit_cell(self)
process(self, args=None, nargs=None, min_nargs=None, max_nargs=None)

Methods inherited from libtbx.option_parser.option_parser:
call_with_self_as_first_argument(self, callable, **kw)
enable_chunk(self, easy_all=False)
enable_dry_run(self)
enable_multiprocessing(self)
enable_show_defaults(self)
format_help(self, formatter=None)
option(self, *args, **kw)
show_help(self, f=None)

Data and other attributes inherited from libtbx.option_parser.option_parser:
processed_options_type = <class 'libtbx.option_parser.processed_options'>

Methods inherited from optik.option_parser.OptionParser:
add_option_group(self, *args, **kwargs)
check_values(self, values, args)
check_values(values : Values, args : [string])
-> (values : Values, args : [string])
 
Check that the supplied option values and leftover arguments are
valid.  Returns the option values and leftover arguments
(possibly adjusted, possibly completely new -- whatever you
like).  Default implementation just returns the passed-in
values; subclasses may override as desired.
destroy(self)
Declare that you are done with this OptionParser.  This cleans up
reference cycles so the OptionParser (and all objects referenced by
it) can be garbage-collected promptly.  After calling destroy(), the
OptionParser is unusable.
disable_interspersed_args(self)
enable_interspersed_args(self)
error(self, msg)
error(msg : string)
 
Print a usage message incorporating 'msg' to stderr and exit.
If you override this in a subclass, it should not return -- it
should either exit or raise an exception.
exit(self, status=0, msg=None)
expand_prog_name(self, s)
format_epilog(self, formatter)
format_option_help(self, formatter=None)
get_default_values(self)
get_description(self)
get_option_group(self, opt_str)
get_prog_name(self)
get_usage(self)
get_version(self)
parse_args(self, args=None, values=None)
parse_args(args : [string] = sys.argv[1:],
           values : Values = None)
-> (values : Values, args : [string])
 
Parse the command-line options found in 'args' (default:
sys.argv[1:]).  Any errors result in a call to 'error()', which
by default prints the usage message to stderr and calls
sys.exit() with an error message.  On success returns a pair
(values, args) where 'values' is an Values instance (with all
your option values) and 'args' is the list of arguments left
over after parsing options.
print_help(self, file=None)
print_help(file : file = stdout)
 
Print an extended help message, listing all options and any
help text provided with them, to 'file' (default stdout).
print_usage(self, file=None)
print_usage(file : file = stdout)
 
Print the usage message for the current program (self.usage) to
'file' (default stdout).  Any occurence of the string "%prog" in
self.usage is replaced with the name of the current program
(basename of sys.argv[0]).  Does nothing if self.usage is empty
or not defined.
print_version(self, file=None)
print_version(file : file = stdout)
 
Print the version message for this program (self.version) to
'file' (default stdout).  As with print_usage(), any occurence
of "%prog" in self.version is replaced by the current program's
name.  Does nothing if self.version is empty or undefined.
set_default(self, dest, value)
set_defaults(self, **kwargs)
set_process_default_values(self, process)
set_usage(self, usage)

Data and other attributes inherited from optik.option_parser.OptionParser:
standard_option_list = []

Methods inherited from optik.option_parser.OptionContainer:
add_option(self, *args, **kwargs)
add_option(Option)
add_option(opt_str, ..., kwarg=val, ...)
add_options(self, option_list)
format_description(self, formatter)
get_option(self, opt_str)
has_option(self, opt_str)
remove_option(self, opt_str)
set_conflict_handler(self, handler)
set_description(self, description)

 
class option_parser(libtbx.option_parser.option_parser)
    
Method resolution order:
option_parser
libtbx.option_parser.option_parser
optik.option_parser.OptionParser
optik.option_parser.OptionContainer

Methods defined here:
__init__(self, usage=None, description=None, more_help=None)
enable_low_resolution(self, default=None)
enable_resolution(self, default=None)
enable_resolutions(self, default_low=None, default_high=None)
enable_space_group(self)
enable_symmetry(self)
enable_symmetry_comprehensive(self)
enable_unit_cell(self)
process(self, args=None, nargs=None, min_nargs=None, max_nargs=None)

Methods inherited from libtbx.option_parser.option_parser:
call_with_self_as_first_argument(self, callable, **kw)
enable_chunk(self, easy_all=False)
enable_dry_run(self)
enable_multiprocessing(self)
enable_show_defaults(self)
format_help(self, formatter=None)
option(self, *args, **kw)
show_help(self, f=None)

Data and other attributes inherited from libtbx.option_parser.option_parser:
processed_options_type = <class 'libtbx.option_parser.processed_options'>

Methods inherited from optik.option_parser.OptionParser:
add_option_group(self, *args, **kwargs)
check_values(self, values, args)
check_values(values : Values, args : [string])
-> (values : Values, args : [string])
 
Check that the supplied option values and leftover arguments are
valid.  Returns the option values and leftover arguments
(possibly adjusted, possibly completely new -- whatever you
like).  Default implementation just returns the passed-in
values; subclasses may override as desired.
destroy(self)
Declare that you are done with this OptionParser.  This cleans up
reference cycles so the OptionParser (and all objects referenced by
it) can be garbage-collected promptly.  After calling destroy(), the
OptionParser is unusable.
disable_interspersed_args(self)
enable_interspersed_args(self)
error(self, msg)
error(msg : string)
 
Print a usage message incorporating 'msg' to stderr and exit.
If you override this in a subclass, it should not return -- it
should either exit or raise an exception.
exit(self, status=0, msg=None)
expand_prog_name(self, s)
format_epilog(self, formatter)
format_option_help(self, formatter=None)
get_default_values(self)
get_description(self)
get_option_group(self, opt_str)
get_prog_name(self)
get_usage(self)
get_version(self)
parse_args(self, args=None, values=None)
parse_args(args : [string] = sys.argv[1:],
           values : Values = None)
-> (values : Values, args : [string])
 
Parse the command-line options found in 'args' (default:
sys.argv[1:]).  Any errors result in a call to 'error()', which
by default prints the usage message to stderr and calls
sys.exit() with an error message.  On success returns a pair
(values, args) where 'values' is an Values instance (with all
your option values) and 'args' is the list of arguments left
over after parsing options.
print_help(self, file=None)
print_help(file : file = stdout)
 
Print an extended help message, listing all options and any
help text provided with them, to 'file' (default stdout).
print_usage(self, file=None)
print_usage(file : file = stdout)
 
Print the usage message for the current program (self.usage) to
'file' (default stdout).  Any occurence of the string "%prog" in
self.usage is replaced with the name of the current program
(basename of sys.argv[0]).  Does nothing if self.usage is empty
or not defined.
print_version(self, file=None)
print_version(file : file = stdout)
 
Print the version message for this program (self.version) to
'file' (default stdout).  As with print_usage(), any occurence
of "%prog" in self.version is replaced by the current program's
name.  Does nothing if self.version is empty or undefined.
set_default(self, dest, value)
set_defaults(self, **kwargs)
set_process_default_values(self, process)
set_usage(self, usage)

Data and other attributes inherited from optik.option_parser.OptionParser:
standard_option_list = []

Methods inherited from optik.option_parser.OptionContainer:
add_option(self, *args, **kwargs)
add_option(Option)
add_option(opt_str, ..., kwarg=val, ...)
add_options(self, option_list)
format_description(self, formatter)
get_option(self, opt_str)
has_option(self, opt_str)
remove_option(self, opt_str)
set_conflict_handler(self, handler)
set_description(self, description)

 
class symmetry_callback(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__call__(self, option, opt, value, parser)
__init__(self)
get(self)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
Data
        division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)