rstbx.dps_core
index
/net/chevy/raid1/rwgk/dist/cctbx_project/rstbx/dps_core/__init__.py

 
Package Contents
       
basis_choice
cell_assessment
constrainment
lepage
sampling
tst_iotbx_converter
zuoreduction

 
Classes
       
cctbx_orientation_ext.crystal_orientation(Boost.Python.instance)
Orientation
rstbx_ext.dps_core(Boost.Python.instance)
dps_core

 
class Orientation(cctbx_orientation_ext.crystal_orientation)
    
Method resolution order:
Orientation
cctbx_orientation_ext.crystal_orientation
Boost.Python.instance
__builtin__.object

Methods defined here:
__init__(self, either_matrix, basis_type_flag=True)

Methods inherited from cctbx_orientation_ext.crystal_orientation:
__copy__(self)
__eq__(self, other)
__getattr__(self, tag)
__getinitargs__(self)
__reduce__ = (...)
__str__(self)
best_similarity_transformation(...)
best_similarity_transformation( (crystal_orientation)arg1, (crystal_orientation)other, (float)fractional_length_tolerance, (int)unimodular_generator_range) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> best_similarity_transformation(cctbx::crystal_orientation {lvalue},cctbx::crystal_orientation,double,int)
change_basis(...)
change_basis( (crystal_orientation)arg1, (change_of_basis_op)arg2) -> crystal_orientation :
 
    C++ signature :
        cctbx::crystal_orientation change_basis(cctbx::crystal_orientation {lvalue},cctbx::sgtbx::change_of_basis_op)
 
change_basis( (crystal_orientation)arg1, (object)arg2) -> crystal_orientation :
 
    C++ signature :
        cctbx::crystal_orientation change_basis(cctbx::crystal_orientation {lvalue},scitbx::mat3<double>)
constrain(self, constraints)
difference_Z_score(...)
difference_Z_score( (crystal_orientation)arg1, (crystal_orientation)other) -> float :
 
    C++ signature :
        double difference_Z_score(cctbx::crystal_orientation {lvalue},cctbx::crystal_orientation)
direct_matrix(...)
direct_matrix( (crystal_orientation)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> direct_matrix(cctbx::crystal_orientation {lvalue})
direct_mean_square_difference(...)
direct_mean_square_difference( (crystal_orientation)arg1, (crystal_orientation)other) -> float :
 
    C++ signature :
        double direct_mean_square_difference(cctbx::crystal_orientation {lvalue},cctbx::crystal_orientation)
make_positive(self)
reciprocal_matrix(...)
reciprocal_matrix( (crystal_orientation)arg1) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> reciprocal_matrix(cctbx::crystal_orientation {lvalue})
rotate_thru(...)
rotate_thru( (crystal_orientation)arg1, (object)unit_axis, (float)angle) -> crystal_orientation :
 
    C++ signature :
        cctbx::crystal_orientation rotate_thru(cctbx::crystal_orientation {lvalue},scitbx::vec3<double>,double)
unit_cell(...)
unit_cell( (crystal_orientation)arg1) -> unit_cell :
 
    C++ signature :
        cctbx::uctbx::unit_cell unit_cell(cctbx::crystal_orientation {lvalue})
unit_cell_inverse(...)
unit_cell_inverse( (crystal_orientation)arg1) -> unit_cell :
 
    C++ signature :
        cctbx::uctbx::unit_cell unit_cell_inverse(cctbx::crystal_orientation {lvalue})

Data and other attributes inherited from cctbx_orientation_ext.crystal_orientation:
__instance_size__ = 88
__safe_for_unpickling__ = True

Data descriptors inherited from Boost.Python.instance:
__dict__
__weakref__

Data and other attributes inherited from Boost.Python.instance:
__new__ = <built-in method __new__ of Boost.Python.class object at 0x2aaaac44c8c0>
T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T

 
class dps_core(rstbx_ext.dps_core)
    
Method resolution order:
dps_core
rstbx_ext.dps_core
Boost.Python.instance
__builtin__.object

Methods defined here:
__init__(self)
combos(self, basis=10)
All interesting combinations of the directional candidates.
Parameter MAXINDEX is the maximum id number considered when choosing
combos.  With combos sorted before return, as below, I feel more
comfortable increasing this parameter if needed to index a difficult case
getOrientation(self)
niggli(self, cutoff=25.0)

Methods inherited from rstbx_ext.dps_core:
__getitem__(...)
__getitem__( (dps_core)arg1, (int)arg2) -> Direction :
 
    C++ signature :
        rstbx::Direction __getitem__(rstbx::dps_core {lvalue},int)
__reduce__ = (...)
fft_result(...)
fft_result( (dps_core)arg1, (Direction)arg2) -> Direction :
 
    C++ signature :
        rstbx::Direction fft_result(rstbx::dps_core {lvalue},rstbx::Direction {lvalue})
getSolutions(...)
getSolutions( (dps_core)arg1) -> Direction :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<rstbx::Direction> getSolutions(rstbx::dps_core {lvalue})
getXyzSize(...)
getXyzSize( (dps_core)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        int getXyzSize(rstbx::dps_core {lvalue})
hklobserved(...)
hklobserved( (dps_core)arg1) -> miller_index :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<cctbx::miller::index<int> > hklobserved(rstbx::dps_core {lvalue})
 
hklobserved( (dps_core)arg1, (vec3_double)arg2) -> miller_index :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<cctbx::miller::index<int> > hklobserved(rstbx::dps_core {lvalue},scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> >)
n_candidates(...)
n_candidates( (dps_core)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        int n_candidates(rstbx::dps_core {lvalue})
observed(...)
observed( (dps_core)arg1) -> vec3_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> > observed(rstbx::dps_core {lvalue})
rmsdev(...)
rmsdev( (dps_core)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double rmsdev(rstbx::dps_core {lvalue})
setMaxcell(...)
setMaxcell( (dps_core)arg1, (float)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void setMaxcell(rstbx::dps_core {lvalue},double)
setOrientation(...)
setOrientation( (dps_core)arg1, (crystal_orientation)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void setOrientation(rstbx::dps_core {lvalue},cctbx::crystal_orientation)
setSolutions(...)
setSolutions( (dps_core)arg1, (Direction)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void setSolutions(rstbx::dps_core {lvalue},scitbx::af::shared<rstbx::Direction>)
setXyzData(...)
setXyzData( (dps_core)arg1, (vec3_double)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void setXyzData(rstbx::dps_core {lvalue},scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> >)
set_orientation_direct_matrix(...)
set_orientation_direct_matrix( (dps_core)arg1, (object)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_orientation_direct_matrix(rstbx::dps_core {lvalue},scitbx::mat3<double>)
set_orientation_reciprocal_matrix(...)
set_orientation_reciprocal_matrix( (dps_core)arg1, (object)arg2) -> None :
 
    C++ signature :
        void set_orientation_reciprocal_matrix(rstbx::dps_core {lvalue},scitbx::mat3<double>)

Data and other attributes inherited from rstbx_ext.dps_core:
__instance_size__ = 208

Data descriptors inherited from Boost.Python.instance:
__dict__
__weakref__

Data and other attributes inherited from Boost.Python.instance:
__new__ = <built-in method __new__ of Boost.Python.class object at 0x2aaaac44c8c0>
T.__new__(S, ...) -> a new object with type S, a subtype of T

 
Functions
       
combocmp(a, b)
directional_show(direction, message)
foo(...)
foo() -> tuple :
 
    C++ signature :
        boost::python::tuple foo()