rstbx.viewer
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/rstbx/viewer/__init__.py

 
Package Contents
       
calibration
calibration_frame
controls
dataset
display
drivers
frame
indexing
integration
pixels3d
processing
results_base
spotfinder_frame
spotfinder_wrap
tst

 
Classes
       
__builtin__.object
line_profile
point_info
screen_params
image
settings

 
class image(screen_params)
    
Method resolution order:
image
screen_params
__builtin__.object

Methods defined here:
__init__(self, file_name)
create_flex_image(self, brightness=100, color_scheme=0, binning=1)
get_beam_center(self)
get_beam_center_mm(self)
get_bitmap(self)
Returns the primary wx.Image scaled and clipped to the current screen
parameters for display in the main canvas.
get_detector_2theta(self)
get_detector_distance(self)
get_drawable_background_mask(self)
get_drawable_integration_mask(self)
get_drawable_predictions(self)
get_drawable_spots(self)
Given an array of spotfinder results (generated separately), determine
which of these are within the current bounds of the viewport.
get_intensities_in_box(self, x, y, boxsize=400, mag=16)
# XXX does this need to be in C++?
get_opengl_background(self)
get_point_info(self, x, y)
Determine the intensity, resolution, and array indices of a pixel.
Arguments are in image pixel coordinates (starting from 1,1).
get_thumbnail_bitmap(self)
Returns the thumbnail image (without any further processing).
get_wavelength(self)
get_zoomed_bitmap(self, x, y, boxsize=400, mag=16)
Returns a zoomed-in view of the image, centered around the clicked
position.
line_between_points(self, x1, y1, x2, y2, n_values=100)
Given two points on the image, sample intensities along a line connecting
them (using linear interpolation).  This also calculates the coordinates
of each sample point, which is used for lattice dimension calculations
once peaks have been identified.  Arguments are in image pixel coordinates
(starting at 1,1).
reset_beam_center(self)
set_beam_center(self, xbeam, ybeam)
set_beam_center_from_screen_coords(self, x, y)
Reposition the beam center for the current image - this is not saved, but
it will override the beam center in the image header.  Arguments are
screen pixel coordinates in the main viewport.
set_integration_results(self, integration)
set_spots(self, spots)
update_image(self, brightness=100, color_scheme=0)
Re-process the image to adjust brightness and colors, and generate a new
wx.Image object and corresponding thumbnail image.
update_settings(self, **kwds)

Methods inherited from screen_params:
adjust_screen_coordinates(self, x, y)
array_coords_as_detector_coords(self, x, y)
Convert array indices to points on the detector surface.  Used in the
calculation of approximate lattice dimensions based on peaks in a
user-drawn line in the viewer.
center_view_from_thumbnail(self, x, y)
Translate the viewport to center on the X,Y coordinates equivalent to the
point clicked in the thumbnail view.  Arguments are in screen coordinates
relative to the upper left corner of the thumbnail (which is assumed to be
displayed in its entirety).
distance_between_points(self, x1, y1, x2, y2)
Given a pair of image pixel coordinates, calculate the distance between
them on the detector face in mm.
get_bitmap_params(self)
get_detector_dimensions(self)
get_image_size(self)
get_scale(self)
get_thumbnail_box(self)
get_thumbnail_size(self)
get_zoom_box(self, x, y, boxsize=400, mag=16)
image_coords_as_array_coords(self, x, y)
Convert image pixel coordinates to indexing values in the FlexImage
object.
image_coords_as_screen_coords(self, x, y)
Convert image pixel coordinates to viewport pixel coordinates.
inherit_params(self, params)
Adopts the current screen parameters (to preserve zoom level, offset,
etc.), but only if the image dimensions are the same.
screen_coords_as_image_coords(self, x, y)
Convert pixel coordinates in the viewport to pixel coordinates in the
raw image.
set_detector_resolution(self, p)
set_image_size(self, w, h)
set_screen_size(self, w, h)
set_thumbnail_size(self, w, h, ratio)
set_zoom(self, zoom)
translate_image(self, delta_x, delta_y)
Translate the viewport to a different area of the image.  Arguments are
in pixels.

Data descriptors inherited from screen_params:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class line_profile(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__init__(self, values, distance, lattice_length)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class point_info(__builtin__.object)
    Container for storing attributes of a pixel, for display by the main
frame (currently on the statusbar).
 
  Methods defined here:
__init__(self, slow, fast, intensity, d_min)
format(self)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class screen_params(__builtin__.object)
    Manager for all display parameters: this is independent of the actual image
data, although it stores various attributes such as detector dimensions.
The primary function is to convert between different coordinate systems and
determine which part of the image to display.
 
  Methods defined here:
__init__(self, img_w=None, img_h=None)
adjust_screen_coordinates(self, x, y)
array_coords_as_detector_coords(self, x, y)
Convert array indices to points on the detector surface.  Used in the
calculation of approximate lattice dimensions based on peaks in a
user-drawn line in the viewer.
center_view_from_thumbnail(self, x, y)
Translate the viewport to center on the X,Y coordinates equivalent to the
point clicked in the thumbnail view.  Arguments are in screen coordinates
relative to the upper left corner of the thumbnail (which is assumed to be
displayed in its entirety).
distance_between_points(self, x1, y1, x2, y2)
Given a pair of image pixel coordinates, calculate the distance between
them on the detector face in mm.
get_bitmap_params(self)
get_detector_dimensions(self)
get_image_size(self)
get_scale(self)
get_thumbnail_box(self)
get_thumbnail_size(self)
get_zoom_box(self, x, y, boxsize=400, mag=16)
image_coords_as_array_coords(self, x, y)
Convert image pixel coordinates to indexing values in the FlexImage
object.
image_coords_as_screen_coords(self, x, y)
Convert image pixel coordinates to viewport pixel coordinates.
inherit_params(self, params)
Adopts the current screen parameters (to preserve zoom level, offset,
etc.), but only if the image dimensions are the same.
screen_coords_as_image_coords(self, x, y)
Convert pixel coordinates in the viewport to pixel coordinates in the
raw image.
set_detector_resolution(self, p)
set_image_size(self, w, h)
set_screen_size(self, w, h)
set_thumbnail_size(self, w, h, ratio)
set_zoom(self, zoom)
translate_image(self, delta_x, delta_y)
Translate the viewport to a different area of the image.  Arguments are
in pixels.

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class settings(__builtin__.object)
    # TODO replace this with libtbx.phil
 
  Methods defined here:
__init__(self)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
Data
        division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)
pi_over_180 = 0.017453292519943295