scitbx.math
index
/net/chevy/raid1/rwgk/dist/cctbx_project/scitbx/math/__init__.py

 
Package Contents
       
besselk
boost_python (package)
chebyshev_lsq_fit
eigensystem
euler_angles
ext
fit_peak
fit_quadratic_function
gaussian
gaussian_fit
scale_curves
sieve_of_eratosthenes
sphere_sphere_intersection
superpose
tst_euler_angles
tst_fit_peak
tst_fit_quadratic_function
tst_superpose

 
Classes
       
__builtin__.object
erf_verification
line_given_points
minimum_covering_sphere_nd

 
class erf_verification(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__call__(self, f, x, expected_result)
__init__(self, tolerance=1e-10)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class line_given_points(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__init__(self, points)
distance_sq(self, point)
http://mathworld.wolfram.com/Point-LineDistance3-Dimensional.html

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class minimum_covering_sphere_nd(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__init__(self, points, epsilon=None, radius_if_one_or_no_points=1, center_if_no_points=(0, 0, 0))
center(self)
n_iterations(self)
radius(self)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
bessel_i0(...)
bessel_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i0(double)
bessel_i1(...)
bessel_i1( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i1(double)
bessel_i1_over_i0(...)
bessel_i1_over_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i1_over_i0(double)
 
bessel_i1_over_i0( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> bessel_i1_over_i0(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
bessel_inverse_i1_over_i0(...)
bessel_inverse_i1_over_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_inverse_i1_over_i0(double)
bessel_ln_of_i0(...)
bessel_ln_of_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_ln_of_i0(double)
cmath_lgamma(...)
cmath_lgamma( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double cmath_lgamma(double)
divmod(...)
divmod( (float)arg1, (float)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        std::pair<int, double> divmod(double,double)
ei0(...)
ei0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double ei0(double)
ei1(...)
ei1( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double ei1(double)
erf(...)
erf( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erf(double)
 
erf( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> erf(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
erfc(...)
erfc( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erfc(double)
erfcx(...)
erfcx( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erfcx(double)
euler_angles_as_matrix(angles, deg=False)
euler_angles_xyz_angles(...)
euler_angles_xyz_angles( (object)m [, (float)eps=9.9999999999999998e-13]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_xyz_angles(scitbx::mat3<double> [,double=9.9999999999999998e-13])
euler_angles_xyz_matrix(...)
euler_angles_xyz_matrix( (float)ax, (float)ay, (float)az) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_xyz_matrix(double,double,double)
euler_angles_yzx_angles(...)
euler_angles_yzx_angles( (object)m [, (float)eps=9.9999999999999998e-13]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_yzx_angles(scitbx::mat3<double> [,double=9.9999999999999998e-13])
euler_angles_yzx_matrix(...)
euler_angles_yzx_matrix( (float)ay, (float)az, (float)ax) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_yzx_matrix(double,double,double)
euler_angles_zyz_angles(...)
euler_angles_zyz_angles( (object)m [, (float)eps=9.9999999999999998e-13]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_zyz_angles(scitbx::mat3<double> [,double=9.9999999999999998e-13])
euler_angles_zyz_matrix(...)
euler_angles_zyz_matrix( (float)az1, (float)ay, (float)az3) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_zyz_matrix(double,double,double)
exponential_integral_e1z(...)
exponential_integral_e1z( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double exponential_integral_e1z(double)
floating_point_epsilon_double_get(...)
floating_point_epsilon_double_get() -> float :
 
    C++ signature :
        double floating_point_epsilon_double_get()
floating_point_epsilon_float_get(...)
floating_point_epsilon_float_get() -> float :
 
    C++ signature :
        float floating_point_epsilon_float_get()
gamma_complete(...)
gamma_complete( (float)x [, (bool)minimax=True]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_complete(double [,bool=True])
gamma_incomplete(...)
gamma_incomplete( (float)a, (float)x [, (int)max_iterations=500]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_incomplete(double,double [,unsigned int=500])
gamma_incomplete_complement(...)
gamma_incomplete_complement( (float)a, (float)x [, (int)max_iterations=500]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_incomplete_complement(double,double [,unsigned int=500])
inertia_tensor(...)
inertia_tensor( (vec3_double)points, (object)pivot) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> inertia_tensor(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::vec3<double>)
 
inertia_tensor( (vec3_double)points, (object)weights, (object)pivot) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> inertia_tensor(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::vec3<double>)
inverse_bessel_i1_over_i0(...)
inverse_bessel_i1_over_i0( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> inverse_bessel_i1_over_i0(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
lambertw(...)
lambertw( (float)x [, (int)max_iterations=100]) -> float :
 
    C++ signature :
        double lambertw(double [,unsigned int=100])
median_statistics(data)
minimum_covering_sphere(points, epsilon=None, radius_if_one_or_no_points=1, center_if_no_points=(0, 0, 0))
nearest_phase(...)
nearest_phase( (float)reference, (float)other [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double nearest_phase(double,double [,bool=False])
 
nearest_phase( (object)reference, (object)other [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> nearest_phase(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
phase_error(...)
phase_error( (float)phi1, (float)phi2 [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double phase_error(double,double [,bool=False])
 
phase_error( (object)phi1, (object)phi2 [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> phase_error(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix(...)
r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix( (object)axis, (float)angle [, (bool)deg=False [, (float)min_axis_length=1.0000000000000001e-15]]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix(scitbx::vec3<double>,double [,bool=False [,double=1.0000000000000001e-15]])
r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion(...)
r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion( (object)axis, (float)angle [, (bool)deg=False [, (float)min_axis_length=1.0000000000000001e-15]]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<double, 4ul> r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion(scitbx::vec3<double>,double [,bool=False [,double=1.0000000000000001e-15]])
r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion(...)
r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion( (object)r) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<double, 4ul> r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion(scitbx::mat3<double>)
r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix(...)
r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix( (object)q) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix(scitbx::af::tiny<double, 4ul>)
r3_rotation_vector_to_001(...)
r3_rotation_vector_to_001( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_001(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_010(...)
r3_rotation_vector_to_010( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_010(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_100(...)
r3_rotation_vector_to_100( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_100(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_vector(...)
r3_rotation_vector_to_vector( (object)given_unit_vector, (object)target_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_vector(scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
row_echelon_back_substitution_float(row_echelon_form, v=None, solution=None)
row_echelon_back_substitution_int(row_echelon_form, v=None, solution=None, independent_flags=None)
row_echelon_form(...)
row_echelon_form( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        unsigned long row_echelon_form(scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue})
row_echelon_form_t(...)
row_echelon_form_t( (int)arg1, (int)arg2) -> int :
 
    C++ signature :
        unsigned long row_echelon_form_t(scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue},scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue})
signed_phase_error(...)
signed_phase_error( (float)phi1, (float)phi2 [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double signed_phase_error(double,double [,bool=False])
 
signed_phase_error( (object)phi1, (object)phi2 [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> signed_phase_error(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
slatec_dbinom(...)
slatec_dbinom( (int)n, (int)m) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dbinom(unsigned int,unsigned int)
slatec_dgamma(...)
slatec_dgamma( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dgamma(double)
slatec_dlngam(...)
slatec_dlngam( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dlngam(double)
slatec_dlnrel(...)
slatec_dlnrel( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dlnrel(double)
solve_a_x_eq_b_min_norm_given_a_sym_b_col(a, b, relative_min_abs_pivot=9.9999999999999998e-13, absolute_min_abs_pivot=0, back_substitution_epsilon_factor=10)
Assumes a is symmetric, without checking to avoid overhead.
 
Special case of
  generalized_inverse(a) * b
taking advantage of the fact that a is real and symmetric.
 
Opportunistic algorithm: first assumes that a has full rank. If this
is true, solves a*x=b for x using simple back-substitution.
 
Only if a is rank-deficient:
  To obtain the x with minimum norm, transforms a to a basis formed
  by its eigenvectors, solves a*x=b in this basis, then transforms
  x back to the original basis system.
 
Returns None if a*x=b has no solution.
superpose_kearsley_rotation(...)
superpose_kearsley_rotation( (vec3_double)reference_sites, (vec3_double)other_sites) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> superpose_kearsley_rotation(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>)
tensor_rank_2_gradient_transform(...)
tensor_rank_2_gradient_transform( (object)a, (object)g) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> tensor_rank_2_gradient_transform(scitbx::mat3<double>,scitbx::sym_mat3<double>)
tensor_rank_2_gradient_transform_matrix(...)
tensor_rank_2_gradient_transform_matrix( (object)a) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::versa<double, scitbx::af::c_grid<2ul, unsigned long> > tensor_rank_2_gradient_transform_matrix(scitbx::mat3<double>)

 
Data
        __warningregistry__ = {("Not importing directory '/net/chevy/raid1/rwgk/d...roject/scitbx/math/gaussian': missing __init__.py", <type 'exceptions.ImportWarning'>, 3): True}