scitbx.math
index
/net/chevy/raid1/nat/src/cctbx_project/scitbx/math/__init__.py

 
Package Contents
       
besselk
boost_python (package)
chebyshev_lsq_fit
clustering
cubic_spline
curve_fitting
des_3_100_13
des_3_240_21
distributions
euler_angles
ext
farey
fit_peak
fit_quadratic_function
fliege_mayer_400
fliege_mayer_900
fliege_mayer_900_ylm
gaussian
gaussian_fit
minimum_covering_ellipsoid
scale_curves
sieve_of_eratosthenes
so3_lie_algebra
spe
sphere_sphere_intersection
superpose
tests (package)
tst_2d_zernike
tst_so3_lie_algebra
tst_undirected_graph
tst_zernike
tst_zernike_mom
undirected_graph
zernike_align_fft

 
Classes
       
__builtin__.object
erf_verification
finite_difference_computation
line_given_points
minimum_covering_sphere_nd

 
class erf_verification(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__call__(self, f, x, expected_result)
__init__(self, tolerance=1e-10)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class finite_difference_computation(__builtin__.object)
    Computing the derivative of a scalar function f(x, ...) wrt x,
where x may be a vector, involves computing f(x + h, ...)
where h is suitably chosen a delta. So as to keep numerical accuracy, it
is best to follow a well known recipe to choose h knowing its
direction. When using that value, a finite difference computation typically
reaches a precision of self.precision
 
Reference: chap 5.7 of Numerical Recipes in C
 
  Methods defined here:
__init__(self)
best_delta(self, point, direction)
Compute the value h in the given direction that is most suitable
for use in finite difference computation around the given point x.
The vector 'direction' may not be a unit-vector.

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class line_given_points(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__init__(self, points)
distance_sq(self, point)
http://mathworld.wolfram.com/Point-LineDistance3-Dimensional.html
perp_xyz(self, point)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
class minimum_covering_sphere_nd(__builtin__.object)
     Methods defined here:
__init__(self, points, epsilon=None, radius_if_one_or_no_points=1, center_if_no_points=(0, 0, 0))
center(self)
n_iterations(self)
radius(self)

Data descriptors defined here:
__dict__
dictionary for instance variables (if defined)
__weakref__
list of weak references to the object (if defined)

 
Functions
       
approx_equal_relatively(...)
approx_equal_relatively( (float)x, (float)y, (float)relative_error) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool approx_equal_relatively(double,double,double)
 
approx_equal_relatively( (float)x, (float)y, (float)relative_error, (float)near_zero_threshold) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool approx_equal_relatively(double,double,double,double)
 
approx_equal_relatively( (complex)x, (complex)y, (float)relative_error) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool approx_equal_relatively(std::complex<double>,std::complex<double>,double)
 
approx_equal_relatively( (complex)x, (complex)y, (float)relative_error, (float)near_zero_threshold) -> bool :
 
    C++ signature :
        bool approx_equal_relatively(std::complex<double>,std::complex<double>,double,double)
bessel_J(...)
bessel_J( (int)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_J(int,double)
bessel_J_array(...)
bessel_J_array( (int)arg1, (double)arg2) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> bessel_J_array(int,scitbx::af::shared<double>)
bessel_i0(...)
bessel_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i0(double)
bessel_i1(...)
bessel_i1( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i1(double)
bessel_i1_over_i0(...)
bessel_i1_over_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_i1_over_i0(double)
 
bessel_i1_over_i0( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> bessel_i1_over_i0(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
bessel_inverse_i1_over_i0(...)
bessel_inverse_i1_over_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_inverse_i1_over_i0(double)
bessel_ln_of_i0(...)
bessel_ln_of_i0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double bessel_ln_of_i0(double)
cdf(...)
cdf( (normal_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double cdf(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
 
cdf( (students_t_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double cdf(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
cmath_lgamma(...)
cmath_lgamma( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double cmath_lgamma(double)
dihedral_angle(...)
dihedral_angle( (object)sites [, (bool)deg=False]) -> object :
 
    C++ signature :
        boost::optional<double> dihedral_angle(scitbx::af::tiny<scitbx::vec3<double>, 4ul> [,bool=False])
 
dihedral_angle( (vec3_double)sites [, (bool)deg=False]) -> object :
 
    C++ signature :
        boost::optional<double> dihedral_angle(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
distance_difference_matrix(...)
distance_difference_matrix( (vec3_double)sites1, (vec3_double)sites2) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::versa<double, scitbx::af::c_grid<2ul, unsigned long> > distance_difference_matrix(scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> >,scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> >)
divmod(...)
divmod( (float)arg1, (float)arg2) -> tuple :
 
    C++ signature :
        std::pair<int, double> divmod(double,double)
ei0(...)
ei0( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double ei0(double)
ei1(...)
ei1( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double ei1(double)
equally_spaced_points_on_vector(start, end, n=None, step=None)
erf(...)
erf( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erf(double)
 
erf( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> erf(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
erfc(...)
erfc( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erfc(double)
erfcx(...)
erfcx( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double erfcx(double)
euler_angles_as_matrix(angles, deg=False)
euler_angles_xyz_angles(...)
euler_angles_xyz_angles( (object)m [, (float)eps=1e-12]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_xyz_angles(scitbx::mat3<double> [,double=1e-12])
euler_angles_xyz_matrix(...)
euler_angles_xyz_matrix( (float)ax, (float)ay, (float)az) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_xyz_matrix(double,double,double)
euler_angles_yzx_angles(...)
euler_angles_yzx_angles( (object)m [, (float)eps=1e-12]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_yzx_angles(scitbx::mat3<double> [,double=1e-12])
euler_angles_yzx_matrix(...)
euler_angles_yzx_matrix( (float)ay, (float)az, (float)ax) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_yzx_matrix(double,double,double)
euler_angles_zyz_angles(...)
euler_angles_zyz_angles( (object)m [, (float)eps=1e-12]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::vec3<double> euler_angles_zyz_angles(scitbx::mat3<double> [,double=1e-12])
euler_angles_zyz_matrix(...)
euler_angles_zyz_matrix( (float)az1, (float)ay, (float)az3) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> euler_angles_zyz_matrix(double,double,double)
exercise_jacks_expf(...)
exercise_jacks_expf( (bool)negative_sign, (int)exponent, (int)mantissa_step_size, (int)j_sample) -> float :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<float> exercise_jacks_expf(bool,int,unsigned int,unsigned int)
exponential_integral_e1z(...)
exponential_integral_e1z( (float)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double exponential_integral_e1z(double)
five_number_summary(data)
Returns the Tukey five number summary (min, lower hinge, median, upper hinge,
max) for a sequence of observations. This function gives the same results
as R's fivenum function.
floating_point_epsilon_double_get(...)
floating_point_epsilon_double_get() -> float :
 
    C++ signature :
        double floating_point_epsilon_double_get()
floating_point_epsilon_float_get(...)
floating_point_epsilon_float_get() -> float :
 
    C++ signature :
        float floating_point_epsilon_float_get()
gamma_complete(...)
gamma_complete( (float)x [, (bool)minimax=True]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_complete(double [,bool=True])
gamma_incomplete(...)
gamma_incomplete( (float)a, (float)x [, (int)max_iterations=500]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_incomplete(double,double [,unsigned int=500])
gamma_incomplete_complement(...)
gamma_incomplete_complement( (float)a, (float)x [, (int)max_iterations=500]) -> float :
 
    C++ signature :
        double gamma_incomplete_complement(double,double [,unsigned int=500])
gcd_int_simple(...)
gcd_int_simple( (int)a, (int)b) -> int :
 
    C++ signature :
        int gcd_int_simple(int,int)
gcd_long_binary(...)
gcd_long_binary( (int)a, (int)b) -> int :
 
    C++ signature :
        long gcd_long_binary(long,long)
gcd_long_simple(...)
gcd_long_simple( (int)a, (int)b) -> int :
 
    C++ signature :
        long gcd_long_simple(long,long)
inertia_tensor(...)
inertia_tensor( (vec3_double)points, (object)pivot) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> inertia_tensor(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::vec3<double>)
 
inertia_tensor( (vec3_double)points, (object)weights, (object)pivot) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> inertia_tensor(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::vec3<double>)
interpolate_catmull_rom_spline(...)
interpolate_catmull_rom_spline( (object)p0, (object)p1, (object)p2, (object)p3, (int)n_points) -> vec2_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::vec2<double> > interpolate_catmull_rom_spline(scitbx::vec2<double>,scitbx::vec2<double>,scitbx::vec2<double>,scitbx::vec2<double>,unsigned int)
 
interpolate_catmull_rom_spline( (object)p0, (object)p1, (object)p2, (object)p3, (int)n_points) -> vec3_double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<scitbx::vec3<double> > interpolate_catmull_rom_spline(scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double>,unsigned int)
inverse_bessel_i1_over_i0(...)
inverse_bessel_i1_over_i0( (object)arg1) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> inverse_bessel_i1_over_i0(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>)
jacks_expf(...)
jacks_expf( (float)array_of_float) -> float :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<float> jacks_expf(scitbx::af::const_ref<float, scitbx::af::trivial_accessor>)
kurtosis(...)
kurtosis( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double kurtosis(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
kurtosis( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double kurtosis(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
lambertw(...)
lambertw( (float)x [, (int)max_iterations=100]) -> float :
 
    C++ signature :
        double lambertw(double [,unsigned int=100])
mean(...)
mean( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double mean(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
mean( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double mean(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
median(...)
median( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double median(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
median( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double median(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
median_statistics(data)
minimum_covering_sphere(points, epsilon=None, radius_if_one_or_no_points=1, center_if_no_points=(0, 0, 0))
mode(...)
mode( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double mode(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
mode( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double mode(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
nearest_phase(...)
nearest_phase( (float)reference, (float)other [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double nearest_phase(double,double [,bool=False])
 
nearest_phase( (object)reference, (object)other [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> nearest_phase(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
orthonormal_basis(...)
orthonormal_basis( (object)v0, (object)v1 [, (bool)right_handed=True]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<scitbx::vec3<double>, 3ul> orthonormal_basis(scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double> [,bool=True])
 
orthonormal_basis( (object)v0, (int)axis_index_1, (object)v1, (int)axis_index_2 [, (bool)right_handed=True]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<scitbx::vec3<double>, 3ul> orthonormal_basis(scitbx::vec3<double>,int,scitbx::vec3<double>,int [,bool=True])
parabolic_cylinder_d(...)
parabolic_cylinder_d( (float)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double parabolic_cylinder_d(double,double)
pdf(...)
pdf( (normal_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double pdf(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
 
pdf( (students_t_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double pdf(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
phase_error(...)
phase_error( (float)phi1, (float)phi2 [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double phase_error(double,double [,bool=False])
 
phase_error( (object)phi1, (object)phi2 [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> phase_error(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
point_on_sphere(r, s_deg, t_deg, center)
Returns a point on sphere of radius r: see definition of polar (sperical)
coordinate system in 3D.
quantile(...)
quantile( (normal_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double quantile(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
 
quantile( (students_t_distribution)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double quantile(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,double)
quantiles(...)
quantiles( (normal_distribution)arg1, (int)arg2) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> quantiles(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,unsigned long)
 
quantiles( (students_t_distribution)arg1, (int)arg2) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> quantiles(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >,unsigned long)
r3_rotation_average_rotation_matrix_from_matrices(*matrices)
Calculates an approximation of the Riemannian (geometric) mean through
quaternion averaging
 
Arithmetic and geometric solutions for average rigid-body rotation (2010).
I Sharf, A Wolf & M.B. Rubin, Mechanism and Machine Theory, 45, 1239-1251
r3_rotation_average_rotation_via_lie_algebra(matrices, maxiter=100, convergence=0.0001)
Calculates an approximation of the Riemannian (geometric) mean by iteratively
averaging the rotation matrix logarithms
 
Nonparametric Second-order Theory of Error Propagation on Motion Groups (2008).
Y. Wang & G. S. Chirikjian, The International Journal of Robotics Research 27, 1258-1273
r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix(...)
r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix( (object)axis, (float)angle [, (bool)deg=False [, (float)min_axis_length=1e-15]]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_axis_and_angle_as_matrix(scitbx::vec3<double>,double [,bool=False [,double=1e-15]])
r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion(...)
r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion( (object)axis, (float)angle [, (bool)deg=False [, (float)min_axis_length=1e-15]]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<double, 4ul> r3_rotation_axis_and_angle_as_unit_quaternion(scitbx::vec3<double>,double [,bool=False [,double=1e-15]])
r3_rotation_cos_rotation_angle_from_matrix(r)
r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion(...)
r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion( (object)r) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::tiny<double, 4ul> r3_rotation_matrix_as_unit_quaternion(scitbx::mat3<double>)
r3_rotation_matrix_logarithm(r)
Chirikjian, G. Stochastic models, information theory, and Lie groups.
Volume 2, pp 39-40.
Applied and Numerical Harmonic Analysis, Birkhauser
r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix(...)
r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix( (object)q) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_unit_quaternion_as_matrix(scitbx::af::tiny<double, 4ul>)
r3_rotation_vector_to_001(...)
r3_rotation_vector_to_001( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_001(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_010(...)
r3_rotation_vector_to_010( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_010(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_100(...)
r3_rotation_vector_to_100( (object)given_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_100(scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
r3_rotation_vector_to_vector(...)
r3_rotation_vector_to_vector( (object)given_unit_vector, (object)target_unit_vector [, (float)sin_angle_is_zero_threshold=1e-10]) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> r3_rotation_vector_to_vector(scitbx::vec3<double>,scitbx::vec3<double> [,double=1e-10])
row_echelon_back_substitution_float(row_echelon_form, v=None, solution=None)
row_echelon_back_substitution_int(row_echelon_form, v=None, solution=None, independent_flags=None)
row_echelon_form(...)
row_echelon_form( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        unsigned long row_echelon_form(scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue})
row_echelon_form_t(...)
row_echelon_form_t( (int)arg1, (int)arg2) -> int :
 
    C++ signature :
        unsigned long row_echelon_form_t(scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue},scitbx::af::versa<int, scitbx::af::flex_grid<scitbx::af::small<long, 10ul> > > {lvalue})
signed_phase_error(...)
signed_phase_error( (float)phi1, (float)phi2 [, (bool)deg=False]) -> float :
 
    C++ signature :
        double signed_phase_error(double,double [,bool=False])
 
signed_phase_error( (object)phi1, (object)phi2 [, (bool)deg=False]) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> signed_phase_error(scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<double, scitbx::af::trivial_accessor> [,bool=False])
skewness(...)
skewness( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double skewness(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
skewness( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double skewness(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
slatec_dbinom(...)
slatec_dbinom( (int)n, (int)m) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dbinom(unsigned int,unsigned int)
slatec_dgamma(...)
slatec_dgamma( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dgamma(double)
slatec_dlngam(...)
slatec_dlngam( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dlngam(double)
slatec_dlnrel(...)
slatec_dlnrel( (float)x) -> float :
 
    C++ signature :
        double slatec_dlnrel(double)
solve_a_x_eq_b_min_norm_given_a_sym_b_col(a, b, relative_min_abs_pivot=1e-12, absolute_min_abs_pivot=0, back_substitution_epsilon_factor=10)
Assumes a is symmetric, without checking to avoid overhead.
 
Special case of
  generalized_inverse(a) * b
taking advantage of the fact that a is real and symmetric.
 
Opportunistic algorithm: first assumes that a has full rank. If this
is true, solves a*x=b for x using simple back-substitution.
 
Only if a is rank-deficient:
  To obtain the x with minimum norm, transforms a to a basis formed
  by its eigenvectors, solves a*x=b in this basis, then transforms
  x back to the original basis system.
 
Returns None if a*x=b has no solution.
spherical_bessel(...)
spherical_bessel( (int)arg1, (float)arg2) -> float :
 
    C++ signature :
        double spherical_bessel(int,double)
spherical_bessel_array(...)
spherical_bessel_array( (int)arg1, (double)arg2) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::shared<double> spherical_bessel_array(int,scitbx::af::shared<double>)
standard_deviation(...)
standard_deviation( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double standard_deviation(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
standard_deviation( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double standard_deviation(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
superpose_kearsley_rotation(...)
superpose_kearsley_rotation( (vec3_double)reference_sites, (vec3_double)other_sites) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::mat3<double> superpose_kearsley_rotation(scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>,scitbx::af::const_ref<scitbx::vec3<double>, scitbx::af::trivial_accessor>)
tensor_rank_2_gradient_transform(...)
tensor_rank_2_gradient_transform( (object)a, (object)g) -> tuple :
 
    C++ signature :
        scitbx::sym_mat3<double> tensor_rank_2_gradient_transform(scitbx::mat3<double>,scitbx::sym_mat3<double>)
tensor_rank_2_gradient_transform_matrix(...)
tensor_rank_2_gradient_transform_matrix( (object)a) -> double :
 
    C++ signature :
        scitbx::af::versa<double, scitbx::af::c_grid<2ul, unsigned long> > tensor_rank_2_gradient_transform_matrix(scitbx::mat3<double>)
time_gcd_int_boost(...)
time_gcd_int_boost( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        int time_gcd_int_boost(int)
time_gcd_int_simple(...)
time_gcd_int_simple( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        int time_gcd_int_simple(int)
time_gcd_long_binary(...)
time_gcd_long_binary( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        long time_gcd_long_binary(long)
time_gcd_long_boost(...)
time_gcd_long_boost( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        long time_gcd_long_boost(long)
time_gcd_long_simple(...)
time_gcd_long_simple( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        long time_gcd_long_simple(long)
time_gcd_unsigned_long_binary(...)
time_gcd_unsigned_long_binary( (int)arg1) -> int :
 
    C++ signature :
        long time_gcd_unsigned_long_binary(unsigned long)
variance(...)
variance( (normal_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double variance(boost::math::normal_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)
 
variance( (students_t_distribution)arg1) -> float :
 
    C++ signature :
        double variance(boost::math::students_t_distribution<double, boost::math::policies::policy<boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy, boost::math::policies::default_policy> >)

 
Data
        __warningregistry__ = {("Not importing directory '/net/chevy/raid1/nat/sr...roject/scitbx/math/gaussian': missing __init__.py", <type 'exceptions.ImportWarning'>, 4): True}
division = _Feature((2, 2, 0, 'alpha', 2), (3, 0, 0, 'alpha', 0), 8192)